発注書を出していたが、請求書が来た時に端数の差額があり支払金額が発注金額より上回った時の対処方法です。  

発注処理→支払処理した発注の金額を変更をします

請求書を出して入金処理が完了した後に、入金された金額が違った場合の入力のやり方です。